Fakultas Pertanian Universitas Malikussaleh didirikan pada tahun 1986, yang merupakan fakultas ketiga setelah Fakultas Ilmu Administrasi Negara dan Fakultas Teknik dengan satu jurusan yakni Budidaya Pertanian dengan Program Studi Agronomi. Jumlah mahasiswa pertama hanya 16 orang, yang seterusnya bertambah setiap tahun, walaupun penambahan mahasiswa tersebut masih terbilang kecil. Ruang kuliah dan pusat administrasi Fakultas Pertanian berada di Jalan Cot Teungku Nie Kecamatan Muara Batu Kabupaten Aceh Utara.
Pada saat pendirian fakultas, modal yang tersedia baik perangkat lunak maupun perangkat keras belum lengkap, namun didorong oleh rasa tanggung jawab sebagai warga muslim dan warga Negara Indonesia untuk ikut serta berperan dalam pembangunan bangsa, negara dan agama, khususnya dalam bidang pendidikan, maka dengan rahmat Allah SWT para tokoh pendirinya dan segenap pimpinan fakultas yang ada sepakat untuk terus mengembangkan fakultas ini.
Tiga tahun kemudian tepatnya pada tanggal 29 Desember 1989, Fakultas Pertanian Universitas Malikussaleh memproleh status “terdaftar”, berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia nomor 0584/0/89. Pada tahun 2003, berdasarkan Surat Keputusan Dirjen Pendidikan Tinggi Nomor: 2289/D/T/2003 tanggal 5 September 2003, Fakultas Pertanian Universitas Malikussaleh membuka 2 (dua) Program Studi baru yaitu Program Studi Agribisnis dan Program Studi Budidaya Perairan. Berdasarkan Surat Keputusan Dikti Nomor 63/2007, maka Program Studi Agronomi menjadi Program Studi Agroekoteknologi.
Sampai saat ini Fakultas Pertanian Universitas Malikussaleh telah memiliki empat progra studi yaitu Program Studi Agroekoteknologi, Agribisnis, Budidaya Perairan, dan Kelautan. Pada tahun 2017, Program Studi Kelautan telah mulai menerima mahasiswa baru sebagai mahasiswa angkatan pertama.